廢水的除磷方法通常使用生物除磷法和化學除磷法兩種方法。

生物除磷法利用聚磷菌的作用原理，將磷在好氧端吸收，以聚合磷的形式生成儲存，磷酸鹽通過排泥去除。生物除磷法的缺點為：除去率有限，無法徹底將磷去除達到水處理標準。所以同時可以采用化學除磷法和生物除磷法，將磷到排放標準。

化學除磷法：在水中投加水處理藥劑，與水中的磷酸鹽產生化學反應，生產磷酸鹽沉淀不溶于水。化學除磷劑的優點為：除磷率高，見效快，但是缺點為：除磷過程中會產生大量的污泥。

鐵鹽、鋁鹽、復配的除磷劑為常用的化學除磷劑。因為水質PH值的不同運用到的藥劑也不同。所以用于除磷過程中，不可以缺少酸和堿，使用過程中也將污泥產量增加了。

雖然化學除磷法效果良好，但是務必注意控制使用藥劑量。假如用量過大，污泥的增加會加重出水量，藥量太少，則無法達到除磷的預計效果。合適的加藥點和加藥量選擇非常關鍵。